Židé žili v Českých Budějovicích již od středověku, ale město je roku 1506 vypovědělo. Nové židovské osídlení se tak datuje až k roku 1848, kdy již nemuseli žít odděleně, a tak nevzniklo ani ghetto jako v jiných městech.
Synagoga byla vyhozena do povětří nacisty roku 1942 a na jejím místě stojí pomník židovským obětem z roku 1992. Ve městě najdeme pěkný, pečlivě udržovaný židovský hřbitov, kde se pohřbívá doposud. Je umístěn na okraji historického města v dnešní průmyslové zóně. Na hřbitově stojí i pomník obětem holocaustu.
